В течение значительного времени года (за исключением времени таяния снегов и периода дождей) каскад прудов Залива представляет из себя искусственное, декоративное водохранилище, не имеющее естественной и постоянной гидравлической связи с природными водоёмами.

Запруды Залива весной заполняются собственными водами речки Чебоксарки, а также водами речки Трусихи. В летнее время большие запруды заполняются посредством специально сооруженных подземных трубных коммуникаций водой из Волги с помощью насосной станции, расположенной на Московской набережной возле Центрального пляжа Чебоксар. Вода в большие запруды Залива поступает с глубины Волги с расстояния более 20 метров от берега. Здесь вода из Волги сначала перекачивается по напорному водоводу в верхний залив, а затем в нижний — через центральный фонтан. При этом воды речек Чебоксарка и Трусиха из малой запруды Залива по трубам впадают непосредственно в Волгу, минуя акваторию больших запруд Чебоксарского залива.